Споры по охране окружающей природной среды и использованию природных ресурсов разрешаются Правительством Республики Марий Эл, исполкомами городских, районных администраций, органами охраны природы Министерства экологии и природопользования Республики Марий Эл, судом, государственным арбитражем, иными уполномоченными на то органами, в соответствии с их компетенцией.
Споры по вопросам, связанным с охраной окружающей природной среды, государственных и общественных организаций одной республики с государственными и общественными организациями другой республики (области) рассматриваются комиссией, образуемой на паритетных началах из представителей заинтересованных республик (областей). Если комиссия не придет к согласованному решению, то спор разрешается комиссией, образуемой Верховным Советом Российской Федерации, решения которой являются окончательными.
Имущественные споры о причинении вреда окружающей природной среде, здоровью граждан, имуществу предприятий, объединений, организаций и граждан, вызванного нарушением экологического законодательства, рассматриваются судом либо государственным арбитражем по искам потерпевшего или прокурора, органов охраны природы Министерства экологии и природопользования Республики Марий Эл, общественных организаций и граждан.