Средства фонда используются на следующие цели:
- финансирование разработок и реализацию программ и проектов, направленных на улучшение качества окружающей природной среды и обеспечение экологической безопасности населения области;
- развитие материально-технической базы специально уполномоченных государственных органов в области охраны окружающей среды области;
- научно-технические исследования, разработку, внедрение ресурсосберегающих и экологически чистых технологий;
- финансирование строительства и реконструкции природоохранных объектов, осуществляемых юридическими и физическими лицами;
- предоставление на договорных условиях целевых ссуд юридическим и физическим лицам для внедрения малоотходных технологий и производств, снижающих уровень выбросов (сбросов) загрязняющих веществ, использования вторичных ресурсов, осуществления другой природоохранной деятельности;
- долевое участие государственных органов области в осуществлении межрегиональных природоохранных программ, в создании предприятий по переработке и использованию отходов производства и потребления;
- осуществление мер по воспроизводству природных ресурсов, утраченных в результате загрязнения природной среды;
- выплату компенсационных сумм гражданам в порядке возмещения вреда, причиненного их здоровью загрязнением и иными неблагоприятными воздействиями на окружающую природную среду в случаях отсутствия виновника вреда;
- вложение средств фонда в ценные бумаги и во вклады в банках;
- развитие особо охраняемых природных территорий;
- развитие экологического воспитания и образования, осуществление международного сотрудничества и иные цели, связанные с охраной окружающей природной среды;
- восстановление лесных и охотничьих ресурсов;
- поощрение работников предприятий, учреждений и организаций, добившихся положительных результатов в природоохранной деятельности, а также работников и общественных инспекторов, специально уполномоченных государственных органов в области охраны окружающей среды производится в порядке, утверждаемом губернатором области;
- резервирование средств для частичного предупреждения и ликвидации последствий стихийных природных процессов и явлений, а также аварийных ситуаций, причиняющих ущерб природной среде.