Средства фонда находятся на специальном счете, открываемом специально уполномоченным государственным органом в области охраны окружающей среды, изъятию не подлежат и расходуются в строгом соответствии с целевым назначением и утвержденной сметой. Учет и хранение ценных бумаг осуществляется в соответствии с действующим законодательством.