5.1. Отдел строит свою работу на плановой основе во взаимодействии с соответствующими аппаратами ОШ и оперативного штаба в морском районе (бассейне).
5.2. Отдел в пределах компетенции и в установленном порядке осуществляет хранение и использование служебных документов и материалов, в том числе содержащих сведения ограниченного распространения и составляющих государственную тайну, необходимых для обеспечения деятельности АТК.
5.3. Начальник Отдела назначается на должность и освобождается от должности главой администрации (губернатором) Краснодарского края.
5.4. В период временного отсутствия начальника Отдела (служебная командировка, отпуск, временная нетрудоспособность и другое) его обязанности исполняет заместитель начальника Отдела.
5.5. Начальник Отдела:
5.5.1. Организовывает работу Отдела и контроль исполнения поручений, содержащихся в решениях АТК, готовит предложения председателю АТК по организационному развитию аппарата АТК, обеспечению его кадровыми ресурсами, профессиональному развитию работников Отдела.
5.5.2. Является непосредственным начальником (руководителем) для работников Отдела.
5.5.3. Разрабатывает должностные регламенты работников Отдела и организует их утверждение в установленном порядке.
5.5.4. Ведет от имени Отдела служебную переписку с территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, органами исполнительной власти Краснодарского края, иными государственными органами и органами местного самоуправления.
5.5.5. Вносит в установленном порядке главе администрации (губернатору) Краснодарского края предложения об изменении штатного расписания Отдела, об обеспечении необходимых условий для осуществления служебной деятельности, об определении мер поощрения к работникам Отдела и применении к ним дисциплинарных взысканий.
5.5.6. По поручению главы администрации (губернатора) Краснодарского края представляет интересы администрации Краснодарского края в аппарате НАК и ОШ, территориальных органах федеральных органов исполнительной власти, органах исполнительной власти Краснодарского края, органах местного самоуправления в Краснодарском крае, организациях по вопросам профилактики терроризма, минимизации и ликвидации последствий его проявлений на территории Краснодарского края.
5.5.7. Действует от имени Отдела, представляет его интересы в органах государственной власти, организациях.
5.5.8. Привлекает в пределах установленной компетенции и при необходимости для подготовки вопросов, рассматриваемых АТК, представителей территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти Краснодарского края и организаций по согласованию с их руководителями, а также граждан с их согласия.
5.5.9. Несет установленную законодательством ответственность за организацию работы со сведениями, составляющими государственную тайну.