По смежеству на юге с Ольхонским районом граница идет от смежества с Республикой Бурятия по вершинам Байкальского и Приморского хребтов до высоты "Голец Трехголовый", при этом вершина рек Киренга и Лена с их притоками остаются в Качугском районе, а все ручьи и реки, впадающие в оз. Байкал, - в Ольхонском районе. От высоты "Голец Трехголовый" граница проходит в северо-западном направлении по высотам водораздела рек Средняя Иликта и Сарма с их притоками до высоты в вершине притока р. Левая Иликта, р. Катун. Затем делает поворот в юго-западном направлении и проходит по вершинам водораздела рек Сарма и Унгура с их притоками, по вершинам рек Правая и Левая Иликта, Белета и Куйтун до высоты в вершине р. Марик 2-й, до смежества с Баяндаевским районом.
Далее граница Качугского муниципального округа Иркутской области проходит по смежеству с Баяндаевским, Эхирит-Булагатским, Боханским, Осинским районами.