Устойчивое использование возобновимых ресурсов региона в мировой практике связывается с развитием экологических сетей особо охраняемых территорий, образующих систему связанных между собой ядер охраны, буферных зон и экологических коридоров, обеспечивающих межпопуляционные и внутрипопуляционные связи. Система имеет иерархическую структуру, состоящую из нескольких уровней: первый уровень образуют несколько крупных ООПТ с буферными зонами (примерно 60% от общей площади ООПТ), второй уровень - ООПТ с площадями в 2-5 раза меньшими первых, но в количестве первых двух десятков и т.д. Разные ООПТ имеют различное целевое назначение: сохраняют уникальные территориальные комплексы, территориальные комплексы с большим биоразнообразием и типичные экосистемы в их естественном состоянии при различных уровнях охраны. В буферной зоне обычно организуются модельные леса или биосферные полигоны. Цель всей системы сохранить все ценности биоразнообразия и содействовать развитию технологий, повышающих эффективность их использования.
На 1 января 2010 г. в Республике Карелия насчитывалось 134 особо охраняемых природных территорий регионального значения общей площадью 359,98 тыс. га, что составляет 2,5% от территории республики.
ООПТ федерального значения включают в себя: 3 государственных природных заповедника ("Кивач", "Костомукшский" и Кемь-Лудский участок Кандалакшского заповедника) общей площадью 60,0 тыс. га, 3 национальных парка ("Паанаярви", "Водлозерский", "Калевальский"), площадь которых составляет 306,0 тыс. га и 2 заказника федерального значения общей площадью 77,0 тыс. га (таблица 1.1.7.1).