На территориях ООПТ находятся уникальные фрагменты первозданной еловой тайги, массивы типичных северотаежных коренных сосняков, редкие девственные ельники на исключительно сильно заболоченной равнине побережья Белого моря и др.
Наиболее характерными для плакорных лесов Карелии являются еловые леса среднетаежной полосы (преобладает ель европейская с примесью ели сибирской). Из них наибольшую площадь занимают ельники-зеленомошники, черничники на мезотрофных и умеренно увлажненных почвах. В них наиболее ярко выражены особенности темнохвойной тайги: простота строения древостоя и других ярусов, бедность видового состава, сильная оподзоленность почв, умеренная лесовозобновительная способность. Наземный покров представлен теневыносливыми и микотрофными видами: седмичник, майник, грушанка, теневыносливые низкорослые папоротники и хорошо развитый покров из зеленых мхов.
Значительные площади коренных еловых лесов на средне- и сильноподзолистых почвах заняты вторичными лесами - березово-осиновыми и реже сероольховыми.
Сосновые леса Карелии образованы одним видом - сосной обыкновенной. В Карелии сосновые леса произрастают на равнинах, сложенных песками с прослоями суглинков, или на нижних участках пологих склонов. Наиболее распространенной группой типов леса являются сосняки-зеленомошники. В подлеске встречаются рябина и можжевельник, в наземном покрове - кустарнички: вереск, черника, брусника, вороника и багульник, также характерны кустистые лишайники. В сосняках на торфяных болотах основную массу наземного покрова образуют сфагновые мхи и кустарнички: багульник, мирт болотный обыкновенный, подбел. Травянистая растительность (вейник тростниковидный, луговик извилистый, костяника, герань лесная, седмичник) занимает подчиненное положение. Естественные массивы сосновых лесов встречаются в заповедниках "Калевальский", "Костомукшский", национальном парке "Калевальский".
Коренные еловые северотаежные леса представлены в государственном заповеднике "Костомукшский". Вершины и склоны холмов в заповеднике занимают сосняки, в основном зеленомошные: черничные и брусничные. Низины с избыточным увлажнением также заняты сосняками: сфагновыми и багульниковыми. Наиболее распространены сосняки-черничники. В древостое этих сосняков встречаются береза и ель, в подлеске - рябина, можжевельник, ива козья и ольха серая. В травяно-кустарничковом покрове господствуют кустарнички, в первую очередь черника, а также вороника или водяника черная, брусника и голубика. Довольно большие площади заняты лишайниковыми и вересковыми борами, приуроченными к вершинам песчаных гряд и выходам кристаллических пород.
Приполярная северная тайга представлена в национальном парке "Паанаярви". Состав деревообразующей растительности скуден: ель (преобладает), сосна и береза. На более богатых почвах и скрытых от холодных ветров склонах встречается осина. Вдоль рек и ручейков нередко можно встретить иву и ольху, чаще в виде кустарника. На болотах встречаются рябина и можжевельник.
В национальном парке "Калевальский" спектр типов леса включает почти все типы северотаежных лесных сообществ, встречающихся в Карелии. В лесном покрове абсолютно доминируют сосняки, они составляют около 64% всей покрытой лесом площади.
Характерные для среднетаежной Карелии комплексы представлены в заповеднике "Кивач". Центральная часть заповедника покрыта сосново-еловыми, сосновыми и мелколиственными лесами. На плакорных участках холмистой моренной равнины обычны ельники разнотравно-черничные, в более влажных местах - бруснично-черничные. Особенностью заповедника является присутствие неморальных видов. В древостой примешиваются липа мелколистная, вяз шершавый, черная ольха. В наземном покрове: колокольчик широколистный, гнездовка настоящая, воронец колосистый, манник плавающий, звездчатка ланцетолистная, трясунка средняя, недотрога бальзаминовая, фиалка холмовая, фиалка удивительная и другие неморальные виды.
В национальном парке "Водлозерский" преобладают таежные виды, составляющие основу различных типов растительных сообществ. Особенность флоры - восточные виды растений: лиственница сибирская, дерен сибирский, малина хмелелистная, княжак сибирский.
На территории Кемь-Лудского участка Кандалакшского заповедника распространены разнообразные приморские леса, находящиеся на разных стадиях развития - от начальных (на морских островах) до хорошо развитых (на материковом побережье). Здесь представлены сосняки брусничные и черничные, иногда с примесью ели, сосново-еловые леса с участием березы, реже - ельники. 24% суши занимают болота, преимущественно низинные (таблица 1.1.8.1).
К настоящему времени на территории Европы коренные леса практически вырублены и сохранились в виде небольших массивов помимо Карелии только в Архангельской области и Республике Коми. Формирование таких лесов происходит в течение 500-600 лет. С их исчезновением будет безвозвратно утрачено сформировавшееся в течение столетий генетическое разнообразие образующих лес видов древесных растений, животного и растительного мира, хранителем которого являются коренные леса. Коренные леса Карелии представляют собой гармоничные, сбалансированные и устойчивые экосистемы, нуждающиеся в защите и сохранении.