Основными проблемами развития сферы транспорта Иркутской области являются:
потребность в дальнейшем развитии железнодорожного транспорта, в том числе в части обеспечения перспективных районов сырьевого освоения;
неудовлетворительное состояние аэропортовой инфраструктуры, изношенность аэродромных покрытий, состояние которых постоянно ухудшается и приближается к критическим параметрам. Аэродромные покрытия изношены и не в полной мере соответствуют установленным требованиям безопасности полетов. По этой причине эксплуатация многих современных воздушных судов либо полностью невозможна, либо обеспечивается с существенными ограничениями;
старение, изношенность инфраструктуры внутреннего водного транспорта (в первую очередь флота и причальной инфраструктуры);
недостаточность поддержки муниципальным образованиям на создание условий для предоставления транспортных услуг населению водным транспортом общего пользования по муниципальным маршрутам Иркутской области, отсутствие государственной поддержки организаций водного транспорта на осуществление межрегиональных перевозок;
значительный износ парка подвижного состава, выполняющего перевозки на межмуниципальных маршрутах регулярных перевозок;
износ пассажирского городского автомобильного и наземного электрического транспорта, осуществляющего перевозку пассажиров и багажа по маршрутам регулярных перевозок, критический износ рельсового хозяйства трамвайного транспорта, значительный износ контактной сети городского наземного электрического транспорта;
непригодность значительной части дорог по своему транспортно-эксплуатационному состоянию для установления регулярного автобусного сообщения, недостаточное количество обустроенных остановочных пунктов на автомобильных дорогах всех уровней;
нехватка денежных средств для финансирования нерентабельных межмуниципальных и муниципальных маршрутов регулярных перевозок;
отсутствие современных методов управления транспортными потоками и общественным транспортом, в том числе в городах, учитывающих интенсивность движения транспорта (в том числе общественного) и управляющих техническими средствами организации дорожного движения (светофорными объектами) в зависимости от складывающейся ситуации.