5.1. Управление осуществляет свою деятельность на плановой основе во взаимодействии с соответствующими аппаратами ОШ и оперативного штаба в морском районе (бассейне).
5.2. Управление в пределах компетенции и в установленном порядке осуществляет хранение и использование служебных документов и материалов, в том числе содержащих сведения ограниченного распространения и составляющих государственную тайну, необходимых для обеспечения деятельности АТК.
5.3. Начальник Управления назначается на должность и освобождается от должности Губернатором Краснодарского края.
5.4. В период отсутствия начальника Управления (служебная командировка, отпуск, временная нетрудоспособность и другое) его обязанности исполняет заместитель начальника Управления.
5.5. Начальник Управления:
5.5.1. Организовывает работу Управления и контроль исполнения поручений, содержащихся в решениях АТК, готовит предложения председателю АТК по организационному развитию аппарата АТК, обеспечению его кадровыми ресурсами, профессиональному развитию работников Управления.
5.5.2. Является непосредственным начальником (руководителем) для работников Управления.
5.5.3. Согласовывает должностные регламенты работников Управления и организовывает их утверждение в установленном порядке.
5.5.4. Ведет от имени Управления служебную переписку с территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, исполнительными органами Краснодарского края, иными государственными органами и органами местного самоуправления в Краснодарском крае.
5.5.5. Вносит в установленном порядке предложения об изменении штатного расписания Управления, об обеспечении необходимых условий для осуществления служебной деятельности Управления, об определении мер поощрения к работникам Управления и применении к ним дисциплинарных взысканий.
5.5.6. По поручению Губернатора Краснодарского края представляет интересы администрации Краснодарского края в аппарате НАК и ОШ, территориальных органах федеральных органов исполнительной власти, исполнительных органах Краснодарского края, органах местного самоуправления в Краснодарском крае, организациях по вопросам профилактики терроризма, минимизации и ликвидации последствий его проявлений на территории Краснодарского края.
5.5.7. Действует от имени Управления, представляет его интересы в органах государственной власти, организациях.
5.5.8. Привлекает в пределах установленной компетенции и при необходимости для подготовки вопросов, рассматриваемых АТК, представителей территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, исполнительных органов Краснодарского края и организаций по согласованию с их руководителями, а также граждан с их согласия.
5.5.9. Несет установленную законодательством ответственность за организацию работы со сведениями, составляющими государственную тайну.