Министерство осуществляет непосредственный контроль за ходом реализации мероприятий государственной программы и подготовку отчетов об их реализации.
Отчет о реализации мероприятий государственной программы формируется министерством и представляется в министерство финансов Красноярского края, министерство экономики и регионального развития Красноярского края, управление проектной деятельности Правительства Красноярского края ежеквартально в срок не позднее десятого числа месяца, следующего за отчетным кварталом; по итогам работы за год - не позднее 1 марта года, следующего за отчетным.
Внутренний государственный финансовый контроль за соблюдением бюджетного законодательства Российской Федерации и иных нормативных правовых актов, регулирующих бюджетные правоотношения, и контроль за полнотой и достоверностью отчетности о реализации мероприятий государственной программы осуществляет служба финансово-экономического контроля и контроля в сфере закупок Красноярского края.
Внешний государственный финансовый контроль за использованием средств краевого бюджета на реализацию мероприятий государственной программы осуществляет Счетная палата Красноярского края в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации и Красноярского края.