Научная инфраструктура города Иркутска представлена Иркутским научным центром Сибирского отделения Российской академии наук (далее - ИНЦ СО РАН), который состоит из 10 отраслевых институтов (земной коры, физиологии и биохимии растений, географии, геохимии, динамики систем и теории управления, солнечно-земной физики, химии, озероведения, систем энергетики, лазерной физики), отдела региональных экономических и социальных проблем, Иркутского регионального центра геоинформационных технологий. В ИНЦ СО РАН работает более 3 тысяч человек, которые в основном проживают на левом берегу Ангары, на территории Академгородка. ИНЦ СО РАН является вторым по величине в Сибири после Новосибирского центра СО РАН.
В городе Иркутске расположены три центра СО РАМН - экологии человека, проблем здоровья семьи и репродукции человека, реконструктивной и восстановительной хирургии. Общая численность сотрудников учреждений СО РАМН составляет около 1 200 человек.
В Иркутском районе, в непосредственной близости от города, также действует Иркутский научно-исследовательский институт сельского хозяйства РАСХН, в котором работает более 500 человек. Институт специализируется на ведении сельского хозяйства в условиях рискового земледелия, характерных для регионов Сибири.
Помимо институтов академий наук, в городе действует ряд прикладных научно-исследовательских институтов, созданных на базе вузов или как отдельные организации. В них работает еще около 1 тысячи человек.
В городе действует шесть центров коллективного пользования, оснащенных уникальными, дорогостоящими научными приборами и установками, в том числе "Иркутский суперкомпьютерный центр СО РАН" с самым мощным суперкомпьютером в Восточной Сибири производительностью 90,24 TFlops.
На территории Иркутского национального исследовательского технического университета создан технопарк, в котором расположено более 30 резидентов.
Иркутские ученые публикуют в среднем более 1 тысячи научных статей в год, и их число и количество цитирований увеличивается.
Несмотря на значительный кадровый и инфраструктурный инновационный потенциал, существует ряд проблем в сфере доведения научных разработок до промышленного использования. В первую очередь, это связано с преимущественно фундаментальной специализацией научных институтов. Доля инновационных товаров, работ, услуг в общем объеме отгруженных товаров, работ, услуг находится на уровне 1-3%. Общая инновационная активность предприятий города Иркутска ниже, чем в среднем по России. Удельный вес предприятий региона, внедряющих инновационные технологии в 2020 году, составил 18,3% против 7,1% по Иркутской области, 19,3% по СФО в целом.
Для решения обозначенных проблем в 2020 году руководством Иркутской области совместно с органами власти Республики Бурятия принято решение о создании межрегионального научно-образовательного центра мирового уровня "Байкал" (далее - НОЦ "Байкал"), который объединяет научные институты и предприятия двух регионов, включая территорию города Иркутска.
Программа деятельности НОЦ "Байкал" включает три отраслевых направления:
- комплексная переработка древесины;
- переработка промышленных отходов;
- биофарма и медтехнологии.
Центром реализуются восемь технологических проектов для разработки не менее 34 технологий и высокотехнологичной продукции. Планируется зарегистрировать не менее 170 патентов на изобретения для коммерциализации результатов интеллектуальной деятельности.