3.1. Агентство возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором Приморского края либо уполномоченным им должностным лицом.
3.2. Руководитель агентства несет персональную ответственность за выполнение возложенных на агентство полномочий.
3.3. Руководитель агентства непосредственно подчиняется заместителю Председателя Правительства Приморского края, курирующему деятельность агентства.
3.4. Руководитель агентства имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности представителем нанимателя по представлению руководителя агентства.
3.5. Структура, штатная численность и положение об агентстве утверждается Правительством Приморского края по представлению руководителя агентства.
3.6. Руководитель агентства:
3.6.1. Осуществляет общее руководство деятельностью агентства;
3.6.2. Распределяет обязанности между своими заместителями и сотрудниками агентства;
3.6.3. Вносит представителю нанимателя предложения по вопросам структуры и штатной численности агентства, о поощрении сотрудников агентства и применении к ним мер дисциплинарной ответственности;
3.6.4. В установленном порядке утверждает положения о структурных подразделениях агентства и должностные регламенты сотрудников агентства;
3.6.5. Без доверенности представляет агентство в отношениях с иными органами государственной власти, органами местного самоуправления муниципальных образований Приморского края и организациями;
3.6.6. Участвует в заседаниях, совещаниях, проводимых Губернатором Приморского края, Первым вице-губернатором Приморского края - Председателем Правительства Приморского края, вице-губернатором Приморского края - заместителем Председателя Правительства Приморского края, заместителями Председателя Правительства Приморского края, заместителями Председателя Правительства Приморского края - министрами, в заседаниях Правительства Приморского края, в других совещаниях и заседаниях федерального и регионального уровня при обсуждении вопросов, отнесенных к компетенции агентства;
3.6.7. Обеспечивает условия для профессионального развития сотрудников агентства;
3.6.8. В пределах своей компетенции издает приказы по вопросам внутренней организации работы агентства и иным вопросам, относящимся к компетенции агентства;