На территории региона расположено четыре судоходных реки - Амур, Зея, Селемджа и Бурея. Протяженность внутренних водных путей (далее - ВВП) составляет 2572 км, в том числе 1923 км с гарантированными габаритами судовых ходов. Продолжительность навигационного периода - 150 суток на реках Бурея и Селемджа, 162 суток на реке Зея, 173 суток на реке Амур.
Движение речного транспорта осуществляется по рекам Амур и Зея в границах обслуживания средств навигационного оборудования.
Пассажирские перевозки внутренним водным транспортом (далее - ВВТ) осуществляются преимущественно в международном сообщении между сопредельными пунктами пропуска России и Китая. На внутреннем сообщении действует только экскурсионно-прогулочный маршрут по р. Амур в районе г. Благовещенск.
Грузовые перевозки ВВТ осуществляются также преимущественно в международном сообщении. С 2018 года предприятия ВВТ участвуют в доставке на причал (212 км р. Зея) крупногабаритного груза, необходимого для реализации инвестиционных проектов в газовой сфере.
В 2022 году ВВТ перевезено 50,186 тыс. пассажиров и 213,4 тыс. тонн грузов. По сравнению с 2021 годом объем перевозок пассажиров увеличился на 36%, вместе с тем объем грузовых перевозок снизился в 3 раза.