Территория МО город Салехард представляет собой плоско-волнистую равнину и находится на правом берегу р. Полуй - крупного правобережного притока р. Обь, имеющих общую долину. В силу географического положения города его водные ресурсы представлены р. Обь (нижнее течение), формирующейся за пределами города, р. Полуй, р. Васьеган, р. Полябта, р. Шайтанка.
Река Полуй является крупным притоком р. Обь, образуется слиянием рек Глубокого и Сухого Полуя и впадает в р. Обь с правого берега на 291 км от ее устья. Длина реки 369 км, площадь водосбора 21 тыс. км2. Долина и пойма реки Полуй развиты хорошо. Пойма левобережная, изобилует протоками и озерами-старицами, русло неустойчиво. Правобережная часть поймы в районе МО город Салехард представляет собой всхолмленную равнину с абсолютными отметками от 1,9 до 73,5 м. Ширина реки в верхнем и среднем течении 60 - 100 м, у города - 250 м.
Река Шайтанка является правым притоком р. Полуй и впадает в него на 3 км от устья, водосборная площадь составляет 24,8 км2. Длина реки составляет 6,3 км, в том числе в черте города 4,4 км. На 1 км от устья с левого берега в нее впадает ручей без названия длиной 0,7 км, а на 2,2 км с правого берега впадает ручей без названия длиной 1,9 км, протекающий вдоль жилого массива.
Река Полябта является правым притоком р. Полуй и впадает в нее на 10 км от устья, общая протяженность водотока 5,5 км, из них 3,8 км протекает в черте МО город Салехард. Общее направление течения реки Полятба с северо-востока на северо-запад. Практически она расположена в пойме р. Полуй. При паводках водный режим полностью зависит от р. Полуй.
В питании этих рек участвуют талые воды сезонных снегов, жидкие осадки и подземные воды. Основным видом питания рек являются талые воды, которые формируют почти 70% годового стока.
Основные фазы водного режима - продолжительное весенне-летнее половодье и осенне-зимняя межень.
Весеннее половодье начинается в мае и плавно переходит в осенне-зимнюю межень в сентябре. Средняя продолжительность его около 140 суток. Половодье ежегодно сопровождается весенним ледоходом.
Городская застройка расположена на надпойменных террасах. Здесь развиты ледниково-морские, озерно-аллювиальные и современные аллювиальные отложения, представленные разнородным механическим составом, переслаивающихся и замещающихся без всякой закономерности по разрезу и простиранию.
Район расположения МО город Салехард относится к зоне прерывистого распространения многолетнемерзлых грунтов и характеризуются сложными мерзлотными условиями, которые постоянно меняются.
Вялая мерзлота (средняя температура -1, -0.5 °C), грунты в мерзлом пластичном состоянии. Мощность многолетнемерзлых пород составляет 120 - 130 м. Для них характерна массивная и линзовиднослоистая криотекстура.
Почти все безлесные участки сложены мерзлыми породами, а залесенные - талыми грунтами. В северной и центральной частях города - 30% талых и 70% мерзлых грунтов.
Наиболее благоприятные мерзлотные условия грунтов по береговой зоне северной части (район Ангальского Мыса). Мерзлотные породы занимают на отдельных участках от 40 до 120 м. В отдельных скважинах до глубины 180 - 200 м мерзлые породы не вскрыты.
В целом по городу пестрота мерзлотных условий усиливается антропогенным влиянием.
В МО город Салехард строительство сооружений ведется по принципу сохранения мерзлого состояния пород при наличии проветриваемого подполья на свайных фундаментах. Требуются дополнительные инженерно-геологические обследования и строительная оценка.