Курганская область располагается на стыке Урала и Сибири, в юго-восточной части Западно-Сибирской низменности.
Потенциальный ресурс поверхностных вод на территории Курганской области представлен бассейном реки Тобол с главными притоками Уй, Исеть и Миасс, которые формируют свой основной сток на территориях Свердловской области, Челябинской области, Тюменской области и Республики Казахстан.
Речная сеть Курганской области принадлежит к бассейну Карского моря. Почти вся территория Курганской области расположена в бассейне реки Тобол, и лишь восточные районы относятся к Тобол-Ишимскому междуречью и являются бессточной зоной. Наиболее развита речная сеть в северо-западных и западных районах Курганской области, менее развита - на юге и практически отсутствуют реки на востоке Курганской области.
На территории Курганской области протекает 449 водотоков общей протяженностью 5175,6 км, из них 74,5% - мельчайших водотоков длиной менее 10 км, 15,2% - самых малых рек длиной от 10 до 25 км, 8% - малых рек длиной от 26 до 100 км, 1,6% - средних рек длиной от 101 до 500 км и 0,7% - больших более 500 км.
К большим рекам относятся реки Тобол, Исеть и Миасс, суммарная протяженность их в пределах Курганской области составляет 955 км.
Наибольшей по протяженности является река Тобол, ее общая длина составляет 1591 км, в границах Курганской области - 428 км. Наиболее крупными притоками Тобола в пределах Курганской области являются реки Уй, Убаган, Юргамыш, Куртамыш, Алабуга, Суерь.
В Курганской области насчитывается 2943 озера общей площадью 3001 кв. км, что составляет 4% от площади Курганской области. Из общего количества озер: 88,5% - пресные; 9% - соленые; 2,5% - горько-соленые. Наиболее богаты озерами юго-восточные районы. Только в трех муниципальных образованиях - Петуховском, Макушинском и Частоозерском, территория которых относится к Тобол-Ишимскому междуречью, находятся почти 900 озер - 30%.
Из общего количества озер около 64% являются озерами с площадью до 0,5 кв. км. Крупных озер площадью более 25 кв. км в Курганской области 9. В основном они расположены в восточных районах Курганской области и являются солеными.
По данным землеустройства, общая площадь болот составляет 3839,8 кв. км. Одно из наиболее больших по площади болот - Пышминское - расположено на территории Курганской и Свердловской областей. Общая площадь болота - 100 кв. км.
За последние десятилетия обострились экологические проблемы, обусловленные мощным антропогенным воздействием на природные системы. Множество технических и социальных факторов приводят к количественным и качественным изменениям природных и техногенных систем, влекущих за собой изменения условий жизнедеятельности человека как в природной среде, так и в социально-экономической сфере.
Многолетние наблюдения показывают, что качество воды поверхностных водных объектов Курганской области остается неудовлетворительным. Качество воды во всех створах рек: Тобол, Исеть, Миасс, Уй, Синара, Теча и озерах Малое Бутырино, Большой Камаган, Иткуль характеризуется высокой комплексностью загрязненности: от 30,4% (р. Синара, устье) до 67,3% (оз. Малое Бутырино). На всем протяжении рек и в озерах в пределах Курганской области по значению удельного комбинаторного индекса загрязненности вод вода характеризуется как "очень загрязненная", "грязная" и "очень грязная", что соответствует 3 и 4 классам качества воды.
Реки Курганской области загрязнены соединениями меди, марганца, цинка, железа, легкоокисляемыми и трудноокисляемыми органическими веществами, ионами аммония, нитрит-ионами, сульфатами, фосфатами, фторидами, фенолами, нефтепродуктами.
Наиболее загрязненными являются реки Миасс и Исеть, которые осуществляют транзит загрязняющих веществ из соседних областей. Вода рек поступает на территорию Курганской области уже загрязненной хозяйственно-бытовыми и сточными водами предприятий Республики Казахстан, Свердловской и Челябинской областей.
Учитывая, что поверхностные водные объекты являются основными источниками (в 2019 году - 81,0% (48,15 млн куб. м) от общего забора воды) для питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения населения Курганской области, качество воды поверхностных водных объектов имеет особое значение.