Основными задачами государственного управления в рыбохозяйственном комплексе при реализации Госпрограммы являются:
- повышение эффективности реализации установленных и переданных Сахалинской области полномочий по управлению рыболовством и сохранению водных биологических ресурсов, развитию рекреационного потенциала;
- увеличение объемов добычи (вылова) водных биологических ресурсов за счет промысла недоиспользуемых объектов, а также развитие искусственного воспроизводства водных биологических ресурсов и товарной аквакультуры, марикультуры в объемах, необходимых для восстановления;
- сохранение и расширение ресурсно-сырьевой базы рыболовства;
- государственная поддержка рыбохозяйственных предприятий, занимающихся обновлением и модернизацией береговой инфраструктуры, строительством перерабатывающих заводов и флота;
- развитие рекреационного потенциала водных биологических ресурсов для удовлетворения потребности значительной части населения Сахалинской области в активном отдыхе и самообеспечении свежей рыбой в рамках любительского рыболовства;
- увеличение объемов производства рыбы и продуктов рыбных переработанных и консервированных более глубокой степени переработки осваиваемых ресурсов с высокой добавленной стоимостью (филе, фарш "сурими", кормовая мука, жир) с внедрением технологий безотходного производства;
- государственная поддержка деятельности рыбоводных предприятий по аквакультуре, искусственному воспроизводству тихоокеанских лососей, развитие товарной аквакультуры.
В целях решения вышеуказанных задач запланирована система мероприятий, отраженных в паспортах регионального и ведомственного проектов и комплекса процессных мероприятий.