Управление особо охраняемыми природными территориями регионального значения осуществляется государственными бюджетными учреждениями города Севастополя, созданными в установленном федеральным законодательством и законодательством города Севастополя порядке, функции и полномочия учредителя которых осуществляет уполномоченный орган, а также в случаях, установленных федеральным законодательством и законодательством города Севастополя, - государственными научными организациями и государственными образовательными организациями высшего образования.