2.1. Госкомитет осуществляет следующие полномочия:
2.1.1. Организует проведение на территории Республики Башкортостан мероприятий по предупреждению и ликвидации болезней животных и их лечению.
2.1.2. Обеспечивает защиту населения от болезней, общих для человека и животных, за исключением вопросов, решение которых отнесено к ведению Российской Федерации.
2.1.3. Организует проведение на территории Республики Башкортостан мероприятий по проведению ветеринарно-санитарной экспертизы продукции животного происхождения, кормов и кормовых добавок растительного происхождения и продукции растительного происхождения непромышленного изготовления, а также других специальных мероприятий, направленных на защиту населения от болезней, общих для человека и животных, и от пищевых отравлений, возникающих при употреблении опасной в ветеринарно-санитарном отношении продукции животного происхождения, в пределах своей компетенции.
2.1.4. Осуществляет региональный государственный контроль (надзор) в области обращения с животными на территории Республики Башкортостан.
2.1.5. Осуществляет регистрацию специалистов в области ветеринарии, не являющихся уполномоченными лицами органов и организаций, входящих в систему Государственной ветеринарной службы Российской Федерации, занимающихся предпринимательской деятельностью в области ветеринарии.
2.1.6. Осуществляет организацию мероприятий при осуществлении деятельности по обращению с животными без владельцев в Республике Башкортостан.
2.1.7. Устанавливает и отменяет ограничительные мероприятия (карантин) на территории Республики Башкортостан в случаях, установленных законодательством Российской Федерации.
2.1.8. Участвует в реализации федеральных мероприятий на территории Республики Башкортостан, относящихся к установленной сфере ведения Госкомитета.
2.1.9. Осуществляет контроль за реализацией органами местного самоуправления переданных государственных полномочий по организации проведения мероприятий по обустройству, содержанию, строительству и консервации скотомогильников (биотермических ям), за целевым использованием предоставленных органам местного самоуправления субвенций и имущества, а также рассматривает представляемые органами местного самоуправления в соответствии с законодательством отчеты.
2.1.10. Осуществляет контроль за реализацией органами местного самоуправления переданных государственных полномочий по организации проведения мероприятий при осуществлении деятельности по обращению с животными без владельцев в Республике Башкортостан, за целевым использованием предоставленных органам местного самоуправления субвенций и имущества, а также рассматривает представляемые органами местного самоуправления в соответствии с законодательством отчеты.
2.1.11. Участвует в создании, развитии и эксплуатации Федеральной государственной информационной системы в области ветеринарии.
2.1.12. Организует проведение изъятия животных и (или) продукции животного происхождения при ликвидации очагов особо опасных болезней животных на территории Республики Башкортостан с возмещением стоимости изъятых животных и (или) продукции животного происхождения.
2.1.13. Осуществляет руководство созданием, размещением, хранением и восполнением резервов материальных ресурсов для ликвидации чрезвычайных ситуаций, включая лекарственные препараты для ветеринарного применения, необходимые для обеспечения мероприятий по предупреждению или локализации эпизоотий.