На территории Амурской области находятся Зейское, Бурейское и Нижне-Бурейское водохранилища. В этих и других водоемах Амурской области имеются значительные запасы пресноводных видов рыб. Рыбохозяйственные угодья представлены промысловыми видами рыб: сом, хариус, ленок, налим, карась, сазан, щука и другие.
Охотничье-промысловые ресурсы насчитывают 27 видов млекопитающих и 16 видов птиц. Среди редких млекопитающих (21 вид) - амурский лесной кот, амурский тигр, красный волк, среди редких птиц (94 вида) - даурский журавль, японский журавль, дальневосточный аист, рыбный филин, сапсан, беркут.
В сеть особо охраняемых природных территорий Амурской области входят 1 национальный парк, 3 государственных природных заповедника, 33 заказника (2 федерального и 31 областного значения), 2 природных парка, 1 водно-болотное угодье и 56 памятников природы регионального значения.
Широко распространены пресные, минеральные и термальные подземные воды. Открыты 42 источника и скважины минеральных вод. Наиболее активно используются Гонжинское, Константиновское, Быссинское, а также Игнашинское месторождения.