Общая протяженность больших рек, протекающих по территории Амурской области, превышает 77 тыс. км. Малых рек (длиной до 10 км) насчитывается свыше 56 тыс., их совокупная протяженность - более 130 тыс. км. Крупнейшие реки региона: Амур, Зея, Селемджа, Бурея, Гилюй, Олекма, Нюкжа.
С целью защиты территорий и населения Амурской области от негативного воздействия вод, а также производства электроэнергии в руслах рек Зея и Бурея плотинами гидроэлектростанций сформированы Зейское, Бурейское и Нижне-Бурейское водохранилища. Извлекаемая энергия формирует большую часть всех гидроэнергетических ресурсов юга Дальнего Востока.
Весенние и летние разливы рек и периоды половодья наряду с интенсивными осадками, значительно превышающими норму, создают угрозу наводнений. Наиболее масштабные наводнения в Амурской области отмечены в 1958, 1984, 2013, 2021 годах.
После наводнения 2013 года разработаны девять проектов защитных гидротехнических сооружений на территории населенных пунктов Благовещенского (с. Владимировка, с. Усть-Ивановка, с. Гродеково) и Архаринского (с. Касаткино) муниципальных округов, Константиновского (с. Константиновка, с. Новопетровка), Зейского (с. Ивановка), Мазановского (с. Мазаново), Михайловского (с. Калинино) районов Амурской области. Общая протяженность планируемых к реализации защитных и берегоукрепительных сооружений от паводковых вод составляет более 57,2 км.