Важнейшим определяющим фактором в распределении растительности является климат. Климат Якутии резко континентальный, очень суровый, особенно в северо-восточной части республики, поскольку здесь она изолирована от атлантического и тихоокеанского влияний цепями гор. В районе села Оймякон находится полюс холода северного полушария (абсолютный минимум температуры воздуха -71°). Горные части бассейнов Яны и Индигирки нередко называют "областью полюса холода северного полушария". В приморских районах заметно влияние морских пространств.
Резкая континентальность климата Якутии проявляется в большом контрасте между летними и зимними температурами. В г. Якутске средняя месячная температура воздуха в июле +18,7°, в январе -43,2°; разница более 60°. Выявлено крайне малое количество выпадающих осадков: в Центральной Якутии в среднем за год выпадает 200 мм осадков, в межгорных впадинах Яно-Индигирской горной области и того меньше. Большая часть осадков выпадает в теплое время года. Засушливость климата оказывает значительное влияние на почвообразовательные процессы и на формирование растительности.
Длительность безморозного периода в разных частях Якутии в основном зависит от географической широты; в горных районах сказывается высота над уровнем моря. Этот период в г. Олекминске в среднем продолжается 100 дней, г. Якутске - 66 дней, г. Верхоянске - 69 дней. В приморских и ряде горных районов безморозный период менее 30 дней, что создает весьма большие трудности для выращивания культурных растений в открытом грунте. Сплошное распространение получает здесь не глубоко оттаивающая многолетняя мерзлота. Последняя представляет собой толщу горных пород и грунтов, длительное время непрерывно находящихся в мерзлом состоянии. Мощность и температура ее в разных районах различны в зависимости от многих факторов (температуры воздуха, рельефа, высоты снежного покрова и т.д.).
В южных районах Якутии мощность многолетней мерзлоты составляет несколько десятков, а на севере достигает сотни метров; в отдельных районах мерзлота обнаружена глубже.
1000 м. Средняя годовая температура мерзлоты на глубине 10-15 м колеблется от 0° до минус 10°, самая низкая средняя годовая температура вечномерзлых грунтов, отмеченная в районе с. Оймякон, достигает минус 12°. Мерзлота отсутствует только под руслами крупных рек, глубокими озерами и в местах выхода подземных источников.
Верхний слой мерзлоты, протаивающий в летнее время, называют деятельным слоем. Его мощность в основном зависит от особенностей местного климата, рельефа, горных пород и растительного покрова. Скорость протаивания, мощность и температура деятельного слоя оказывают сильнейшее влияние на развитие растительности и на почвообразовательные процессы.