Материковая часть Якутии в основном входит в пределы двух природных зон: лесной зоны и тундры, граница между которыми проходит примерно по 69°- 70° с.ш. Эти зоны отграничены друг от друга очень узкой прерывистой полосой лесотундровых редколесий, впрочем, ее некоторые ученые выделяют в самостоятельную зону. На многих островах Северного Ледовитого океана распространены почти лишенные растительности арктические пустыни.
Первопричиной широтной зональности растительного покрова является зональность климата и, прежде всего, неравномерное распределение тепла. В горах характерна вертикальная поясность растительности. На расположении этих зон и поясов и их характере сказывается история развития растительного покрова.
На необозримых пространствах лесной зоны Якутии почти повсеместно господствуют довольно однообразные лиственничные леса и редколесья. Более разнообразна растительность гор, где безлесные вершины хребтов окаймлены темно-зелеными зарослями кедрового стланика и других подгольцовых кустарников. Выше они сменяются горными тундрами, болотами и разреженной растительностью каменных россыпей; своеобразна растительность наледей и тополево-чозениевых лесов. На юге и юго-западе республики встречаются участки темнохвойной тайги - елово-кедровых лесов с участием пихты, а местами в горах имеют место реликтовыекаменно-березовые насаждения.
В лесную зону на фоне господствующего лесного типа включены и другие типы растительности: луга, травяные и моховые болота, растительность скалистых обнажений заросли кустарников и т.д. Но, пожалуй, ничто так не поражает нас, как затерянные среди моря лесов островки степей и даже полупустынной растительности с обилием таких растений, как ковыли и солянки. Целый ряд степных видов на северо-востоке Якутии переходит за Полярный круг.
В связи с возрастанием с юга на северо-восток степени континентальности климата и уменьшением количества осадков в этом направлении наблюдается постепенное падение общей производительности лесов. Наиболее густые и высокоствольные леса расположены в западных приленских районах и отчасти на Алданском плато, т.е. в относительно теплых и влагообеспеченных районах лесной зоны. Леса эти очень напоминают тайгу Средней и Южной Сибири.
В центральной части Якутии леса постепенно редеют, становятся более однообразными (лиственница, сосна, реже ель) и более низкорослыми. На северной и северо-восточной окраине республики лесной покров принимает сильно угнетенный вид, образуя обычно редкостойные насаждения, где единственной лесообразующей породой выступает лиственница даурская.
Другая существенная особенность широтной зональности Якутии - полное отсутствие характерных для Европы хвойно-широколиственных лесов. Широколиственные лесные породы нигде не встречаются на территории Якутии, несмотря на то, что южные районы республики находятся на одной параллели с дубовыми лесами Московской области. Природа Якутии значительно более сурова, чем природа на соответствующих широтах Европы. Конкретными причинами отсутствия здесь широколиственных древесных пород и характерных для них кустарников и травянистых растений являются установившиеся еще в геологическом прошлом малое количество осадков, не глубокое залегание многолетней мерзлоты, охлаждающей почвы в период вегетации, и частые весенние заморозки. Зимой выпадает очень мало осадков, а маломощный снежный покров для растений умеренной зоны не может служить хорошей защитой от крайне низких температур.
Флора сосудистых растений Якутии включает 1987 видов, подвидов и разновидностей из 505 родов и 111 семейств. Основу флоры сосудистых растений Якутии составляют представители семейств астровых - 214 видов, мятликовых - 209, осоковых - 161, лютиковых - 112, капустных - 105, бобовых - 104, розоцветных - 101, гвоздичных - 90, ивовых - 60, норичниковых - 57, гречишных - 50, яснотковых и камнеломковых по 48, сельдерейных, бурачниковых и вересковых по 36, маревых - 34, ситниковых - 31, орхидных - 27 и первоцветных - 22. По количеству видов и подвидов преобладают роды: осока - 125, ива - 57, лапчатка - 49, полынь и камнеломка по 43, остролодочник - 38, мятлик и крупка по 33, одуванчик - 32, лютик - 31, звездчатка и мытник по 27, астрагал - 22, щавель и мак по 21, ситник - 20, овсяница - 18, соссюрея и фиалка по 17, вейник и тимьян - по 15 видов. Флора печеночных мхов включает 215 видов и разновидностей, листостебельных мхов - 537, водорослей 3126 таксонов, лишайников 718 таксонов и грибов 452 вида.
Территория Якутии разделена на семь флористических районов: Арктический, Оленекский, Колымский, Яно-Индигирский, Центрально-Якутский, Верхне-Ленский и Алданский районы.
В Арктическом флористическом районе насчитывается 789 видов и подвидов высших сосудистых растений из 220 родов и 70 семейств, что составляет 39,77 процента флористического разнообразия Якутии.
В Оленекском флористическом районе видовой состав относительно скудный, флора содержит 701 вид и подвид высших сосудистых растений из 203 родов и 73 семейств, или 35,33 процента видового состава Якутии.
Во флоре Яно-Индигирского флористического района содержится 981 таксон высших сосудистых растений, относящихся к 297 родам и 77 семействам, или 49,45 процента разнообразия флоры Якутии.
В Колымском флористическом районе насчитывается всего 685 видов и подвидов высших сосудистых растений из 226 родов и 73 семейств, что составляет 34,53 процента видового состава Якутии.
Центрально-Якутский флористический район представлен 1032 таксонами высших сосудистых растений, относящихся к 381 роду и 97 семействам, или 52,02 процента общей флоры Якутии. Флора Верхне-Ленского флористического района включает 1085 видов и подвидов из 402 родов и 101 семейства, что составляет 54,69 процента.