Гарантирующей организацией, осуществляющей водоотведение в городском округе, с конца 2021 года является "РВК-Сахалин", правопреемник МКП "Городской водоканал". Часть объектов системы водоотведения эксплуатирует АО "Сахалинская коммунальная компания" (далее - АО "СКК").
Кроме того, услуги в сфере водоотведения на территории городского округа осуществляют ООО "ЖКК", ООО "Энерго Сити", АО "Аэропорт Южно-Сахалинск", ООО "РСО "Малиновка", и ФГБУ "ЦЖКУ". Описание технических характеристик систем централизованного водоотведения ресурсоснабжающих организаций не приведено, ввиду незначительной доли оказания услуг потребителям и отсутствия данных.