Муниципальное образование город Салехард располагается в зоне сопряжения Западно-Сибирской плиты и Уральской складчатой области, характеризующейся достаточно напряженным тектоническим режимом. Территория города приурочена к наложению двух обширных линеаментов, один из которых субширотный, носящий название Салехард-Хантайский, и второй субмеридиональный Мугоджаро-Обский, шириной 300 км.
В муниципальном образовании город Салехард их влияние отражается на формировании террас, рельефа водораздельной части и развитие экзогенных процессов. Поскольку р. Обь и ее правый приток р. Полуй контролируются региональными тектоническими разломами, то их слияние представляет собой узел тектонических разломов, в пределах которых проявляется ряд геодинамических процессов, к главным из них относятся вертикальные движения отдельных блоков земной коры различного знака и интенсивности.
Территория городского округа относится к Салехардской провинции, которая охватывает прилежащие к низовьям Оби и южной части Обской губы краевые полосы междуречных морских равнин высокого уровня 100 - 110 м, более низкого 50-60 м и надпойменных террас.