Характерной особенностью области является густота речной сети (в среднем 1,2 км на 1 км2), значительно превышающая аналогичный показатель по России. В области более 65 тыс. водотоков, протяженностью около 106 тыс. км; свыше 17 тыс. озер общей площадью водного зеркала 1118 кв. км. Основные реки - Тымь и Поронай.
По запасам водных ресурсов область занимает одно из первых мест в стране, но по водообеспечению на душу населения (в среднем 82,8 тыс. м3 в год) - предпоследнее место по Дальневосточному региону из-за необходимости значительных затрат на расширение перечня источников водопользования и строительства коммунальной инфраструктуры.
Регион относится к категории малых и самых малых рек, почти все из них имеют рыбохозяйственное значение, поэтому любая деятельность с нарушением природоохранного законодательства чревата серьезными экологическими последствиями.
На подавляющем большинстве предприятий-водопользователей условия отведения вод не отвечают нормативным требованиям правил охраны поверхностных вод и правил охраны от загрязнения прибрежных вод морей.
Загрязненные воды поступают в рыбохозяйственные водные объекты с поверхностным стоком с территорий городов, поселков, с территорий промышленных предприятий и объектов сельского хозяйства, со строительных площадок отдельных объектов, с мест разработки грунта, с неблагоустроенных мест свалки мусора, отходов с дорог, не имеющих твердого покрытия.
Основными загрязнителями морских вод являются предприятия жилищно-коммунального хозяйства и рыбной промышленности.