Реорганизация и ликвидация департамента осуществляются в соответствии с законодательством Российской Федерации.
В случае реорганизации департамент обеспечивает передачу архивных документов правопреемнику, а в случае ликвидации - государственному казенному учреждению Ярославской области "Государственный архив Ярославской области".