Система особо охраняемых природных территорий (далее - ООПТ) является главным элементом природно-экологического каркаса территории области. Развитие системы ООПТ регионального значения планируется за счет земель лесного фонда, сельскохозяйственного назначения, земель особо охраняемых территорий и объектов.
Формирование сети ООПТ агломерации осуществляется в соответствии с ландшафтной концепцией. В ее основу заложен принцип сохранения природных эталонов всех ландшафтных районов в границах агломерации. Все ООПТ образуют сеть, в узлах решетки которой лежат ландшафтные заказники, наиболее полно отражающие разнообразие природы области. Сеть заказников дополняется памятниками природы и другими охраняемыми объектами.
В границах агломерации "Вологодская" расположено 19 ООПТ регионального и местного значения.