Территория агломерации расположена на пересечении транспортных коммуникаций всех типов: автомобильных и железных дорог, воздушного коридора из Европы в Азию и водных путей, путепроводов, а также в непосредственной близости от крупнейших российских мегаполисов Москвы и Санкт-Петербурга.
Область является транзитной для многих категорий грузов, поскольку располагается на маршрутах их доставки в морские порты Балтики, Белого и Баренцева морей на Северо-Западе России и потребителям Урала и Поволжья.
В пределах области проходит развитая железнодорожная сеть протяженностью более 760 км. Вологодский железнодорожный узел является одним из крупнейших на Северо-Западе Российской Федерации.
Развита сеть водного транспорта. Волго-Балтийский водный путь и Северо-Двинская шлюзованная система, связывающие Санкт Петербург, Москву и города, расположенные вдоль рек: Волги, Камы, Дона, обеспечивают выход к Беломоро-Балтийскому каналу, в Белое, Каспийское, Черное и Средиземное моря.
В воздушном пространстве над территорией области с запада на восток проходит коридор международных трасс. Функционируют два авиапредприятия, открыт международный сектор аэропорта "Череповец".
Территория агломерации находится в основных транспортных коридорах. Коридоры включают в себя магистральные железнодорожные и водные пути и автомобильные дороги общего пользования федерального значения.
В состав опорного каркаса входят следующие транспортные коридоры, проходящие по территории агломерации:
международный транспортный коридор "Север - Юг", представленный существующими коммуникациями - железнодорожной магистралью Москва - Вологда - Коноша - Архангельск и автомобильной дорогой общего пользования федерального значения М-8 Холмогоры Москва - Ярославль - Вологда - Архангельск;
международный транспортный коридор "Запад - Восток", сформированный существующей железнодорожной магистралью Санкт-Петербург - Вологда - Киров (к западу от Вологды) и автомобильной дорогой общего пользования федерального значения "А-114 Вологда - Тихвин - автомобильная дорога Р-21 "Кола";
западный диагональный коридор, включающий Волго-Балтийский водный путь и автомобильную дорогу федерального значения А-119 Вологда - Медвежьегорск - автомобильная дорога Р-21 "Кола".
На территории агломерации выделено 3 крупных транспортных узла: Вологодский, Череповецкий, Шекснинский.
Предусматривается создание логистических центров по разным вариантам развития в Вологодском, Череповецком, Шекснинском транспортных узлах.
Улучшение планировочной структуры основных региональных автодорог в целях совершенствования внутренних сообщений, повышения плотности дорожной сети, усиления связей с сетью автодорог соседних областей.
К перспективным направлениям, применительно к территории агломерации, отнесено строительство следующих автомобильных дорог регионального или межмуниципального значения: