Основными задачами Министерства являются:
2.1. Участие в определении основных направлений охраны окружающей среды на территории Республики Саха (Якутия).
2.2. Участие в реализации федеральной политики в области экологического развития Российской Федерации на территории Республики Саха (Якутия).
2.3. Разработка и внесение проектов законов и иных правовых актов в установленном законодательством порядке по вопросам, входящим в компетенцию Министерства.
2.4. Разработка и реализация государственных программ Республики Саха (Якутия), участие в федеральных целевых программах в области охраны окружающей среды и обеспечения экологической безопасности, а также участие в программах социально-экономического развития муниципальных образований и в проектных программах в сфере охраны окружающей среды.
2.5. Осуществление государственного управления в сфере охраны, учета, использования и воспроизводства природных ресурсов.
2.6. Осуществление регионального государственного экологического контроля (надзора) в пределах полномочий, определенных действующим законодательством Российской Федерации и Республики Саха (Якутия).
2.7. Организация и развитие системы экологического образования и просвещения, формирование экологической культуры на территории Республики Саха (Якутия).
2.8. Организация и управление особо охраняемыми природными территориями республиканского значения, ведение государственного кадастра особо охраняемых природных территорий республиканского и местного значения.
2.9. Участие в обеспечении населения информацией о состоянии окружающей среды на территории Республики Саха (Якутия).
2.10. Регулирование природопользования в пределах установленных полномочий совместно с федеральными органами исполнительной власти Российской Федерации, исполнительными органами государственной власти Республики Саха (Якутия).
2.11. Организация и осуществление охраны и воспроизводства объектов животного мира, за исключением объектов животного мира, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, а также охрана среды обитания указанных объектов животного мира.
2.12. Организация и осуществление сохранения и использования охотничьих ресурсов и среды их обитания, за исключением охотничьих ресурсов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения.
2.13. Участие в осуществлении государственного мониторинга радиационной обстановки на территории Республики Саха (Якутия), в том числе формировании и обеспечении функционирования территориальных подсистем единой государственной автоматизированной системы мониторинга радиационной обстановки на территории Российской Федерации.