Особенностью территории Зауралья является удаленность муниципальных центров от столицы Республики Башкортостан - города Уфы. Так, центр Хайбуллинского района - село Акъяр: находится в 540 км от столицы республики. Районный центр Зилаирского района - село Зилаир, находится в 410 км от города Уфа и в 135 км от железнодорожной станции города Сибай. Экономические и социальные связи муниципальных образований оказываются сильнее с соседними районами и городами Оренбургской и Челябинской областей, чем с городом Уфа.
Это формирует проблему анклавности территории, ее разорванности на отдельные зоны, каждая из которых имеет свой формат взаимодействия и с республиканским центром, и с соседними регионами.
Динамика пространственной среды на предыдущем этапе развития была связана преимущественно с освоением месторождений полезных ископаемых и развитием индустриального коллективного сельского хозяйства. При этом, развитие сельского хозяйства в южных и центральных районах в целом отвечало традиционным для территории укладам, заместив лишь в определенной степени пастбищное животноводство более интенсивным растениеводством и стойловым содержанием молочного и мясного скота. Сокращение выпуска сельскохозяйственной продукции, сокращение парка техники ведет к тому, что площадь обрабатываемых земель сокращается, увеличивается доля залежей, пустошей, которые в ближайшее время могут использоваться в большей мере как пастбища.
Более значительное влияние на пространственную среду Зауралья оказывало развитие горного сектора. Разработка месторождений на севере, в центре и на юге Зауралья затрагивала значительные площади, включая складирование вскрышных пород, отвалов, хвостохранилищ, строительство линейных объектов (линий электропередач, газоснабжения, железных и автомобильных дорог).
Сегодня территория субрегиона подвержена сильному антропогенному воздействию, что формирует значительные обязательства муниципальных и региональных органов власти по мониторингу и защите окружающей среды. Недропользование неизбежно связано с ухудшением экологической обстановки, а высокая концентрация горнодобывающих производств на территории ее обостряет. Прежде всего, это касается нарушения почвенного, растительного и лесного покровов, загрязнения подземных вод минерализованными водами, сброса в поверхностные водоемы подотвальных вод с высоким содержанием тяжелых металлов, выщелачиванием отвалов с попаданием тяжелых металлов в подземные и поверхностные воды.