На территории проектируемой ООПТ встречаются 25 видов, характерных для Шекснинского плеса Рыбинского водохранилища. Преобладают типичные для Рыбинского водохранилища, преимущественно фитофильные виды рыб, нерестящиеся на затапливаемой растительности: плотва, окунь, лещ, густера. Наиболее ценные нерестовые участки фитофильных видов рыб Шекснинского плеса Рыбинского водохранилища, в том числе ценных и охраняемых Правилами рыболовства леща и щуки, расположены в разливе реки Кондошки на территории проектируемой ООПТ. На этой акватории водохранилища в весенне-летний период концентрируются производители данных видов рыб, а после нереста происходит нагул появившихся на свет их личинок и молоди. На изучаемой акватории отмечаются высокие показатели концентрации фитофильных видов рыб. В частности, на момент проектирования и организации ООПТ зарегистрировано 13 фитофильных видов рыб (лещ, щука, окунь, плотва, густера, синец, карась золотой, карась серебряный, сазан, язь, уклейка, линь, красноперка), что составляет 50% от общего числа обитающих в Шекснинском плесе Рыбинского водохранилища представителей ихтиофауны. Из фитофильных видов рыб наибольшую долю в составе уловов в Шекснинском плесе Рыбинского водохранилища имеют лещ, окунь, плотва и густера, а промысловая биомасса данных видов рыб составляет порядка 60% от общей оцененной биомассы промысловых запасов рыб водоема. Территория проектируемой ООПТ является ценным воспроизводственным участком и для видов, нерест которых проходит на песчаных субстратах, в том числе ценных и охраняемых Правилами рыболовства судака и жереха. Это свидетельствует о высокой значимости акватории заказника для естественного воспроизводства разных экологических групп рыб Шекснинского плеса Рыбинского водохранилища. В нерестовый и преднерестовый, а также в подледный период на акватории заказника могут наблюдаться значительные скопления водных биоресурсов. Виды, занесенные в Красные книги Российской Федерации и Вологодской области, в ходе исследований на акватории ООПТ не обнаружены.
В границах ООПТ отсутствуют участки природных и культурных ландшафтов, геологические, минералогические, палеонтологические объекты, уникальные природные комплексы и объекты, в том числе одиночные природные объекты, представляющие собой особую научную, культурную и эстетическую ценность.