Перечень подпрограмм установлен для достижения целей и решения задач, определенных основополагающими документами в части развития агропромышленного комплекса, а именно для увеличения объемов производства сельскохозяйственной продукции и выполнения показателей Доктрины продовольственной безопасности Российской Федерации, утвержденной Указом Президента Российской Федерации от 30 января 2010 г. N 120, по направлениям сельскохозяйственного производства, рентабельность которых недостаточна для их самостоятельного эффективного развития.
Структура и перечень подпрограмм Государственной программы соответствуют принципам программно-целевого управления экономикой, охватывают все основные сферы агропромышленного производства: производство сельскохозяйственной продукции, их реализацию, технико-технологическое и информационное обеспечение, институциональные преобразования и социальное развитие сельских территорий, а также управление реализацией Государственной программы.
Состав подпрограмм Государственной программы рассчитан на комплексное развитие агропромышленного комплекса и его основных сфер, а также на получение высокого синергического эффекта в целом по экономике страны.