5.1. Структура и предельная численность работников Министерства утверждаются Губернатором Сахалинской области. Положение о Министерстве утверждается Правительством Сахалинской области.
5.2. Министерство возглавляет министр, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором Сахалинской области в соответствии с действующим законодательством.
5.3. Министр:
5.3.1. на основе принципа единоначалия руководит деятельностью Министерства, издает приказы, распоряжения по оперативным и другим текущим вопросам организации деятельности Министерства;
5.3.2. без доверенности представляет Министерство по всем вопросам деятельности Министерства, в установленном порядке заключает государственные контракты и иные сделки; выдает доверенности на совершение юридически значимых действий от имени Министерства;
5.3.3. утверждает штатное расписание Министерства в пределах установленной численности работников и фонда оплаты труда в соответствии с установленным порядком;
5.3.4. утверждает положения о структурных подразделениях Министерства, должностные регламенты государственных гражданских служащих и должностные инструкции работников Министерства;
5.3.5. осуществляет полномочия представителя нанимателя (работодателя) в отношении государственных гражданских служащих Сахалинской области, замещающих должности в Министерстве, и работников Министерства;
5.3.6. представляет интересы Сахалинской области в органах управления хозяйственных обществ, пакеты акций (вклады, доли в уставных капиталах) которых находятся в областной государственной собственности, в порядке, установленном действующим законодательством;
5.3.7. обеспечивает доступ к информации о деятельности Министерства в порядке, предусмотренном законодательством.
5.4. При Министерстве могут быть образованы коллегиальные, совещательные и консультативные органы для рассмотрения вопросов, связанных с деятельностью Министерства. Состав указанных органов и положения о них утверждаются руководителем Министерства. Организационно-техническое обеспечение деятельности указанных органов осуществляется Министерством.
5.5. При реорганизации, ликвидации и прекращении работ, содержащих сведения, составляющие государственную тайну, Министерство обязано обеспечить сохранность этих сведений и их носителей путем разработки и осуществления системы мер режима секретности, защиты информации, охраны и пожарной безопасности.