2.1. Осуществление предусмотренных законодательством Российской Федерации и Сахалинской области полномочий органа исполнительной власти Сахалинской области в сфере рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов.
2.2. Осуществление отдельных полномочий Российской Федерации, переданных для осуществления органам государственной власти субъектов Российской Федерации, в установленных сферах деятельности Министерства.
2.3. Реализация государственной политики в сфере рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области с целью создания условий для его эффективного функционирования, обеспечения рационального использования водных биологических ресурсов, роста природоресурсного и экономического потенциала Сахалинской области за счет создания необходимых экономических, правовых и иных условий.