Промышленное освоение россыпных месторождений золота привело к серьезным нарушениям природных комплексов речных долин. Вскрышные работы и дальнейшая разработка участков с помощью бульдозеров, экскаваторов, промывочных установок и драг привели к тому, что после отработки полигонов остаются безжизненные отвалы, котлованы, отстойники и многочисленные дороги.
Из-за увеличения объемов добычи минерально-сырьевых ресурсов значительно возросли площади нарушенных земель и загрязнение природной среды. Горнодобывающая отрасль в настоящее время превратилась в один из крупнейших источников нарушения и загрязнения природной среды на территории Магаданской области. Одним из последствий деятельности человека является загрязнение почв тяжелыми металлами.
Общая экологическая ситуация в Магаданской области относительно удовлетворительная, однако существуют очаги с сильным нарушением земель вокруг основных промышленных центров. Многолетние разработки месторождений цветных металлов обусловили формирование на территории Магаданской области особых техногенных экосистем.
Не менее вредны косвенные нарушения: ветровая и водная эрозия, изменение уровня грунтовых вод, загрязнение окружающей среды отходами нефтепродуктов.
Систематические наблюдения за качеством атмосферного воздуха показывают в областном центре содержание основных загрязняющих веществ, из которых доминирующими загрязняющими веществами являются формальдегид, бенз(а) пирен, фенол, оксид азота и углерода.
Степень загрязнения атмосферного воздуха относится к числу приоритетных факторов, влияющих на окружающую среду. Одним из показателей качества атмосферного воздуха является интенсивность загрязнения его выбросами различных источников, в первую очередь - автомобильного транспорт.
В период 2015-2017 годов наблюдается стабилизация показателей качества атмосферного воздуха как в муниципальных образованиях Магаданской области. Доля уловленных и обезвреженных загрязняющих атмосферу веществ в регионе составила за 2017 год 59,3% общего количества отходящих загрязняющих веществ от стационарных источников, среднероссийское значение показателя - 74,4%.
Существенное увеличение добычи полезных ископаемых и увеличение объема перерабатываемой горной породы на действующих производственных мощностях снижает эффективность газопылеочистного оборудования. Достижение и превышение установленных для Магаданской области показателей зависит от роста уровня экономического развития в основных отраслях экономики и интенсивности внедрения эффективных доступных технологий крупными предприятиями.
Водные ресурсы Магаданской области используются для выработки электроэнергии, добычи полезных ископаемых, рыборазведения, хозяйственно-питьевого водоснабжения, рекреации и судоходства.
Загрязнение водных объектов центральных районов Магаданской области обусловлено, в основном, деятельностью горнодобывающих предприятий, организаций жилищно-коммунального комплекса, поверхностным смывом с неблагоустроенных территорий населенных пунктов в периоды таяния снега в весеннее половодье и интенсивных дождей, природными факторами формирования состава поверхностных вод и гидрохимическим фоном, обусловленным составом пород, слагающих водосборный бассейн.
Нагрузка загрязняющих веществ по водным объектам распределяется неравномерно, большая часть приходится на реки бассейна р. Колымы, где основными источниками загрязнений являются предприятия, ведущие добычу полезных ископаемых и предприятия жилищно-коммунального хозяйства.
Основным источником загрязнений водных объектов бассейна Охотского моря являются жилищно-коммунальные организации г. Магадана, Ольского и Хасынского городских округов.
Приоритетной задачей в сфере обращения с отходами производства и потребления в период реализации Стратегии является размещение отходов на полигонах твердых коммунальных отходов, отвечающих современным санитарным и экологическим требованиям, ликвидация несанкционированных свалок, рекультивация выведенных из эксплуатации объектов размещения отходов.
Особого надзора требуют места интенсивного промышленного освоения, оказывающие масштабное воздействие на среду обитания диких животных. Так, интенсивное освоение природных территорий рудниками "Кубака", "Кварцевый", "Биркачан" и другими привело к созданию сети зимников и, как следствие, практически вдвое, а местами и втрое сокращению численности диких копытных животных на территориях Среднеканского, Омсукчанского и Северо-Эвенского районов Магаданской области. Данные районы являются местом проживания коренных малочисленных народов Севера. Ранее заказники "Кубака", "Бургали", "Сугой" выполняли роль компенсационных территорий, однако после их ликвидации дикие животные были лишены даже этой малой части участков спокойствия для воспроизводства и восстановления численности.