Приоритетами развития морехозяйственного комплекса в интересах социально-экономического развития Магаданской области является развитие морского транспорта, рыбохозяйственного комплекса, улучшение экологического состояния прибрежной акватории, предотвращение загрязнения морской среды отходами производства, потребления и утилизации, проведение научно-исследовательских работ, развитие туристско-рекреационного потенциала, подготовка кадров для морской деятельности, обеспечение безопасности прибрежных территорий от стихийных бедствий.
Целями развития прибрежных территорий является рациональное использование морских природных систем, развитие морской транспортной инфраструктуры.
К прибрежным территориям Магаданской области относятся территории города Магадана, Ольского, Северо-Эвенского и Омсукчанского городских округов.
Рыбное хозяйство Магаданской области имеет высокую социальную значимость, обеспечивая занятость 1,5 тыс. граждан в прибрежных поселках и в г. Магадане. Рыбная отрасль области является единственной продовольственной отраслью области, продукция которой поставляется на экспорт.
В составе рыбохозяйственного комплекса Магаданской области насчитывается около 100 организаций различных форм собственности. Рыбопромысловый флот насчитывает 24 единицы судов. Физический износ основных фондов предприятий рыбохозяйственного комплекса составляет 36,3%. Промысловый флот обновляется за счет инвестиций коммерческих предприятий.
Промысловые суда предприятий и организаций рыбного хозяйства Магаданской области работают в исключительной экономической зоне Российской Федерации и иностранных государств. Заработная плата на предприятиях - судовладельцах (в среднем 170 тыс. рублей) в 4 раза больше, чем на предприятиях прибрежного лова и береговой переработки (в среднем 40 тыс. рублей).
На территории Магаданской области действуют 4 государственных рыбоводных завода по воспроизводству лосося, которые нуждаются в реконструкции. Общая проектная мощность всех заводов по выпуску молоди лосося составляет 120 млн особей в год.
С целью охраны водных биологических ресурсов и пресечения преступлений в этой сфере в Магадане базируются силы морской охраны пограничной службы ФСБ России.
Морской транспорт обеспечивает связь Магадана и центральной части области с прибрежными территориями. Общая протяженность причального фронта порта составляет 1840 м и состоит из 11 причалов. Навигация при помощи ледоколов круглогодичная, что позволяет бесперебойно обеспечивать прибрежные территории области необходимыми грузами. Порт способен перерабатывать грузы различной номенклатуры, такие как металлопродукцию, лесопродукцию, навалочные грузы (уголь, рудный концентрат и пр.), нефтеналивные грузы и контейнеры, а также технику и скоропортящиеся грузы. Основными корреспондирующими порта Магадан являются морские торговые порты Ванино, Находка и Восточный. Осуществляемая реконструкция гидротехнических сооружений в Магаданском морском порту позволит повысить уровень безопасности причалов N 4, 5 морского порта Магадан и доведение их технического состояния до уровня действующих требований. Увеличение грузооборота порта зависит от разработки шельфа Охотского моря и перспектив развития транспортной инфраструктуры. Отсутствие железнодорожных путей в регионе сдерживает развитие морской торговой деятельности.
Выявленные перспективы нефтегазоносности Примагаданского шельфа Охотского моря повлекут развитие Магаданского морского порта.
Геологическое изучение месторождений каменного угля в пределах Булурской угленосной площади и Галимовского угленосного района, осуществляемое организацией ООО "Северо-Восточная угольная компания" требует строительства морского порта с угольным терминалом в бухте Пестрая Дресва на территории Омсукчанского городского округа.
Для проведения комплексных геолого-поисковых работ первой очереди, направленных на уточнение ресурсного потенциала известных и поиски новых рудных объектов цветных и черных металлов определена наиболее перспективная Приохотская площадь, которая вытянута вдоль побережья Охотского моря от г. Магадана и охватывает береговую зону на 700 км. Выделенная площадь занимает территорию порядка 40 тыс. км2 (1/9 от общей площади региона). В границах этой территории нет постоянных автодорог, линий ЛЭП и др. типов инфраструктуры, населенные пункты, размещенные здесь связанны с региональным центром только посредством нерегулярного авиасообщения.
Проведение масштабных геолого-поисковых работ Приохотской площади позволит в соответствии с действующими современными российскими и международными стандартами оценить ресурсы и запасы региона относительно меди.
Развитие прибрежных территорий Магаданской области также связано с рекреационным потенциалом этих территорий. В регионе разработаны туристические программы экологического туризма, в числе которых "На полуострове Кони", "Посещение заповедника "Магаданский", "Наблюдение за морскими птицами и медведями", "посещение заказника "Одян", "Остров Талан", а также "Путешествие на остров Недоразумения". Перспективным является проект ООО "ЭКСПЕДИЦИЯ-ТУР" по созданию туристической (охотничьей, рыболовной) базы на о. Завьялова.