На территории ООПТ, на всех ее участках, преобладают типичные для Белого озера преимущественно фитофильные виды рыб. В частности, на момент проектирования и организации ООПТ зарегистрировано 14 фитофильных видов рыб (лещ, щука, окунь, плотва, густера, синец, карась, жерех, язь, белоглазка, уклейка, линь, красноперка, сазан), что составляет 56% от общего числа обитающих в бассейне Белого озера представителей ихтиофауны. Из фитофильных видов рыб наибольшую долю в составе уловов в Белом озере имеют лещ, щука, окунь, плотва и густера, а промысловая биомасса данных видов рыб составляет порядка 40% от общей оцененной биомассы промысловых запасов рыб водоема.
На участках ООПТ, расположенных в разливах рек Ковжи, Кемы, Шолы, Мегры, в весенне-летний период концентрируются производители фитофильных видов рыб, происходит их нерест на затапливаемой растительности, а после нереста - нагул появившихся на свет их личинок и молоди. Это свидетельствует о высокой значимости акватории заказника для естественного воспроизводства и нагула молоди данных видов рыб в целом для всего бассейна Белого озера. В нерестовый и преднерестовый, а также в подледный период на акватории заказника наблюдаются значительные скопления водных биоресурсов.
Природоохранная ценность территории (акватории) определяется обилием на ней мелководных зарастающих водной и прибрежно-водной растительностью участков, формирующих благоприятные условия для воспроизводства и нагула фитофильных видов рыб бассейна Белого озера. В целом акватория заказника представляет собой уникальный естественный воспроизводственный комплекс, поддерживающий стабильно высокие запасы фитофильных рыб в Белом озере.
В границах ООПТ отсутствуют участки природных и культурных ландшафтов, геологические, минералогические, палеонтологические объекты, уникальные природные комплексы и объекты, в том числе одиночные природные объекты, представляющие собой особую научную, культурную и эстетическую ценность.