Организацию и управление всем комплексом работ по реализации Программы осуществляет Департамент труда и занятости населения города Москвы, являющийся государственным заказчиком Программы.
Координацию деятельности органов исполнительной власти города Москвы, органов государственного надзора и контроля, объединений профсоюзов и работодателей, органов социального страхования по реализации программных мероприятий осуществляет Межведомственная комиссия по охране труда при Правительстве Москвы и Департамент труда и занятости населения города Москвы.
Внешний контроль за исполнением программы осуществляется Департаментом финансов города Москвы, Департаментом экономической политики и развития города Москвы, Главным управлением государственного финансового контроля города Москвы, Контрольно-счетной палатой Москвы.
Департамент труда и занятости населения города Москвы ежегодно в течение срока действия Программы представляет в Департамент экономической политики и развития города Москвы отчеты о ходе выполнения программных мероприятий: 1 марта - за отчетный год; 15 ноября - за 9 месяцев т.г. и об ожидаемом выполнении за год.
Департамент труда и занятости населения города Москвы разрабатывает и вносит в установленном порядке проекты правовых актов города Москвы, необходимые для выполнения Программы.
Департамент труда и занятости населения города Москвы организует работу исполнителей Программы, в том числе привлекаемых на конкурсной основе, заключает с ними договоры на выполнение конкретных программных мероприятий, осуществляет контроль за выполнением работ и эффективным использованием средств, выделяемых на их реализацию.