Организация и функционирование Системы базируются на следующих принципах:
2.1. Использование программно-целевого подхода в управлении охраной труда.
2.2. Сочетание отраслевого и территориального управления.
2.3. Взаимодействие с федеральными органами надзора и контроля и социального страхования.
2.4. Социальное партнерство и взаимодействие с профессиональными союзами, объединениями работодателей и другими общественными организациями.
2.5. Использование и совершенствование рыночных механизмов для улучшения условий и охраны труда в организациях города.
2.6. Развитие информационной инфраструктуры в области охраны труда. Использование функционирующих и вновь создаваемых информационных структур для доведения правовых актов по охране труда до организаций города.
2.7. Совершенствование системы обучения в области охраны труда.
2.8. Использование механизмов экспертизы и сертификации для улучшения условий и охраны труда.
2.9. Научное прогнозирование в управлении охраной труда, поддержка научных исследований и опытно-конструкторских разработок, связанных с улучшением условий и охраны труда.
2.10. Неукоснительное соблюдение трудового законодательства и иных нормативных правовых актов Российской Федерации и правовых актов города Москвы, регулирующих отношения в области охраны труда.