С учетом выбранных приоритетов при проведении контрольных мероприятий в 2008 году установлено, что существенное влияние на эффективность расходования бюджетных средств оказывают системные, в том числе управленческие, недостатки и нарушения. К ним можно отнести следующие:
не приняты необходимые меры по формированию перечня государственных услуг, разработке стандартов качества и государственных заданий по их предоставлению;
недостатки в ведении Реестра расходных обязательств города Москвы приводят к несоответствию его фактической роли в планировании бюджета, предусмотренной бюджетным законодательством. В полном объеме не решена проблема четкого разграничения расходных обязательств между отраслевыми органами исполнительной власти и префектурами;
не учитываются в полной мере изменения в структуре и динамике бюджетообразующих показателей: в среднесрочной перспективе налог на доходы физических лиц как в удельном, так и в абсолютном значениях превысит налог на прибыль организаций;
городские целевые программы, стратегии развития отраслей имеют разные уровни планирования и их утверждения, не увязаны между собой по срокам, целям, зачастую не содержат конкретных механизмов осуществления;
действующая система городских пособий и компенсационных выплат малообеспеченным категориям населения неструктурирована и сложна в применении, недостаточный уровень информированности льготных категорий населения приводит к неполной востребованности городских пособий и компенсаций;
распространена практика формального соблюдения требований действующего законодательства при размещении и выполнении государственных заказов для нужд города Москвы (контракты заключаются без обеспечения конкуренции при их размещении, а контракты на строительно-монтажные работы - до утверждения ПСД);
продолжается практика включения в Адресную инвестиционную программу города Москвы объектов без утвержденной ПСД, не соблюдаются сроки ввода объектов в эксплуатацию, неритмично осуществляется ввод жилой площади, не выполняются плановые показатели по вводу объектов социальной инфраструктуры;
автоматизированная информационная система Единого реестра контрактов и торгов города Москвы не стала механизмом оценки результативности и эффективности системы размещения государственного заказа;
существующая структура расходных полномочий муниципальных образований не позволяет разработать соответствующий перечень показателей деятельности муниципалитетов, на основе которых можно оценить результативность и эффективность их работы;
отсутствует полный и достоверный управленческий учет и контроль за достижением финансовых результатов от предоставления услуг.