Финансовое обеспечение Программы осуществляется за счет средств бюджета города Москвы, предусматриваемых на реализацию мероприятий Программы по подразделу бюджета города Москвы "Прикладные научные исследования в области национальной экономики".
Объем финансирования из средств бюджета непосредственно на реализацию Программы уточняется ежегодно в пределах лимита, установленного законом города Москвы о бюджете города Москвы на соответствующий финансовый год (финансовый год и плановый период) по родразделу "Прикладные научные исследования в области национальной экономики".