В случае возникновения аварийной ситуации: при поломке установки по обеззараживанию отходов, отключении электро-, водоснабжения, неисправности инвентаря и других причин, не позволяющих реализовать предлагаемую схему по обеззараживанию отходов, сбор и удаление отходов производится после предварительной дезинфекции отходов химическим способом в местах первичного образования согласно требованиям СанПиН 1.2.7.728-99 "Правила сбора, хранения и удаления отходов лечебно-профилактических учреждений".
В учреждении на случай аварийной ситуации должен быть в наличии месячный запас дезинфицирующих средств, разрешенных к применению.
При работах по сбору и удалению отходов используются спецодежда и другие средства защиты (перчатки, маски, бахилы и др.).