Общий контроль за реализацией Программы осуществляет Правительство Москвы. Правительство Москвы назначает персонального руководителя Программы - руководителя Департамента здравоохранения города Москвы, отвечающего за реализацию Программы и обладающего правом вносить предложения об изменении размеров финансовых средств, направляемых на решение отдельных задач.
Реализация Программы осуществляется на основе государственных контрактов на закупку и поставку продукции и услуг для государственных нужд, заключаемых государственным заказчиком с исполнителями, определенными в установленном законодательством Российской Федерации порядке.
Текущее управление реализацией Программы осуществляется государственным заказчиком Департаментом здравоохранения города Москвы.
Для обеспечения мониторинга хода реализации Программы Департамент здравоохранения города Москвы представляет Департаменту экономической политики и развития города Москвы и Департаменту финансов города Москвы:
- до 1 марта - отчет о реализации Программы с указанием причин срыва сроков исполнения намеченных мероприятий и несоответствия результатов финансовым затратам;
- до 1 апреля года, предшествующего планируемому, - заявки на финансирование реализации Программы по установленной форме;
- до 15 ноября - отчет за 9 месяцев текущего года и об ожидаемом выполнении за год.
Ход и результаты выполнения Программы могут рассматриваться на заседаниях Правительства Москвы с заслушиванием отчетов персонального руководителя.