Для эффективного управления Комплексной программой предусматривается создание информационно-аналитической подсистемы мониторинга выполнения комплексных целевых программ обеспечения продовольственной безопасности города на базе Автоматизированной системы информационной поддержки обеспечения продовольственной безопасности Москвы (АСПБ). Это позволит организовать своевременный мониторинг выполнения программных мероприятий и осуществлять управление в соответствии с установленными целевыми показателями Комплексной программы.
Государственный заказчик Комплексной программы - Департамент торговли и услуг города Москвы представляет ежегодно отчет о выполнении Комплексной программы в Департамент экономической политики и развития города Москвы в сроки: до 1 марта - за отчетный год, до 15 ноября - о фактическом выполнении мероприятий в сроки за 9 месяцев текущего года и об ожидаемом выполнении за год. Ежегодно в I квартале доклад о ходе реализации Комплексной программы представляется Мэру Москвы.
В ежегодном отчете отражаются все объемы фактических затрат на реализацию Комплексной программы, включая объемы бюджетных субсидий на поставки отечественного продовольствия в город Москву по линии Министерства сельского хозяйства Российской Федерации.
Внешний контроль за выполнением Комплексной программы осуществляют: Департамент финансов города Москвы, Департамент экономической политики и развития города Москвы, Главное управление государственного финансового контроля города Москвы, Контрольно-счетная палата Москвы.