Одной из функций Фонда является сбор, учет и аккумуляция страховых взносов и платежей.
До 1 сентября 1993 г. сбором и учетом страховых взносов (платежей) по ОМС занималась Государственная налоговая инспекция г.Москвы. С октября 1993 г. в Фонд было сформировано 37 учетно-контрольных отделений.
По состоянию на 1 августа 1994 г. 53% предприятий г.Москвы поставлены на учет.
Одна из ключевых проблем организации учетно-контрольной службы - обеспечение помещениями. К настоящему времени эта проблема решена не полностью.
От работодателей в Фонд в 1993 г. поступило 95,6 млрд.рублей, за 8 месяцев 1994-255,7 млрд.рублей.
Поступление средств за неработающее население за 8 месяцев 1994г. составило 153,2 млрд.рублей.
Сотрудниками учетно-контрольных отделений проведено 360 документальных проверок, составлено 43 тыс.камеральных актов, в результате которых начислено: пени - 11,5 млрд.рублей, штрафов - 14 млрд.рублей, получено 7,5 млрд.рублей.