4.1. Палатой руководит председатель Палаты. Организационная структура аппарата Палаты утверждается правительством Москвы.
В составе Палаты работает коллегия, которая формируется из депутатов Московского городского Совета народных депутатов (персональный состав депутатов утверждается президиумом Моссовета), специалистов-правоведов, представителей отдельных комитетов и управлений Мэрии, городской налоговой инспекции и других (персональный состав утверждается правительством Москвы). Заместители председателя Палаты входят в коллегию по должности. Председатель Палаты является председателем коллегии.
4.2. Коллегия Палаты:
рассматривает в установленные законом сроки и дает рекомендации по регистрации субъектов хозяйственной деятельности на территории Москвы и по апелляциям на отказы в регистрации (перерегистрации) и аккредитации предприятий, в выдаче лицензий (разрешений) и квалификационных аттестатов,
рассматривает и дает рекомендации о направлении заявлений и исков в судебные и арбитражные органы со стороны Палаты по защите интересов города,
дает рекомендации о составе и существе нормативных документов, необходимых для достижения целей и предмета деятельности Палаты,
дает рекомендации о совершенствовании правовой деятельности Палаты.
Коллегия Палаты осуществляет свою работу в форме заседаний по инициативе председателя.
Коллегия правомочна принимать решения, если присутствуют не менее половины от числа его членов. Решения принимаются простым большинством голосов.
4.3. Председатель Палаты:
осуществляет общее руководство Палатой, назначает и отзывает с должности управляющих территориальными отделениями (филиалами) Палаты,
рассматривает предложения и принимает решения по вопросам совершенствования системы регулирования предпринимательской деятельности,
утверждает порядок и процедуры взаимодействия Палаты и ее отделений (филиалов),
утверждает инструктивные и нормативно-методические материалы, обязательные для Палаты, ее отделений (филиалов) и т.п.,
представляет Палату перед органами власти в Союзе и за границей,
управляет имуществом Палаты,
совершает разного рода сделки и иные юридические акты, ведет во исполнение целей и предмета деятельности Палаты, открывает в банках расчетные и иные счета Палаты,
принимает на контрактной основе на работу и увольняет с работы сотрудников аппарата Палаты, ее отделений (филиалов), принимает меры поощрения и взыскания,
выполняет решения коллегии Палаты о предъявлении от имени Палаты претензий и исков к юридическим и физическим лицам,
определяет порядок делопроизводства, отчетности и контроля исполнительской дисциплины в аппарате Палаты, отделениях (филиалах), представительствах Палаты,
осуществляет иные полномочия в соответствии с действующим законодательством.