6.1. Контроль за деятельностью Департамента осуществляет Правительство Москвы и федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий функции по контролю и надзору в сфере образования.
Департамент представляет ежегодный отчет в Правительство Москвы.
Департамент представляет в федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий функции по контролю и надзору в сфере образования предусмотренные федеральным законодательством отчетность, документы и информацию, необходимые для контроля и надзора за полнотой и качеством осуществления органами государственной власти города Москвы полномочий Российской Федерации в области образования, в соответствии с федеральным законодательством переданных для осуществления органам государственной власти субъектов Российской Федерации.
6.2. Департамент представляет бухгалтерскую и статистическую отчетность в установленном порядке и определенные сроки. Ревизию деятельности Департамента осуществляют уполномоченные Правительством Москвы органы, а также организации, которым это право предоставлено в соответствии с законодательством.
Департамент ежеквартально направляет в федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий функции по контролю и надзору в сфере образования, отчеты о расходовании предоставленных субвенций и достижении целевых прогнозных показателей в случае их установления.