Основу природного комплекса города составляют особо охраняемые природные территории, являющиеся предметом ландшафтного и историко-культурного наследия Москвы. Они составляют 31,2% территории города и подвержены агрессивному воздействию техногенного и антропогенного характера. На регулирование отношений в области образования, охраны, содержания и использования особо охраняемых природных территорий в столице направлен Закон города Москвы от 26 сентября 2001 года N 48 "Об особо охраняемых природных территориях в городе Москве". В целях сохранения и восстановления природно-территориальных комплексов, образующих их природных сообществ и объектов, ландшафтного и биологического разнообразия, улучшения состояния окружающей среды города Закон закрепил права и обязанности субъектов правоотношений в области образования, охраны, содержания и использования особо охраняемых природных территорий, установил режимы осуществления хозяйственной деятельности, оказывающей негативное воздействие на особо охраняемые природные территории.
Закон содержит нормы, определяющие основные категории особо охраняемых природных территорий в городе Москве, порядок их образования, упразднения и изменения их границ, устанавливает порядок образования и правовое положение буферных зон особо охраняемых природных территорий в столичном мегаполисе.
Для приведения данного Закона в соответствие с Уставом города Москвы, а также в связи с тем, что Земельный кодекс Российской Федерации предусмотрел право органов государственной власти субъектов Российской Федерации принимать решения о резервировании земель, которые предполагается объявить землями особо охраняемых природных территорий, был принят Закон города Москвы от 14 июля 2004 года N 48 "О внесении изменений и дополнений в Закон города Москвы от 26 сентября 2001 года N 48 "Об особо охраняемых природных территориях в городе Москве". В Законе изменены полномочия Московской городской Думы и Правительства Москвы в области образования, управления и упразднения особо охраняемых природных территорий регионального и местного значения.
Закон города Москвы от 8 декабря 2004 года N 82 "О внесении изменений в Закон города Москвы от 26 сентября 2001 года N 48 "Об особо охраняемых природных территориях в городе Москве" устранил противоречия, возникшие в связи с изменениями в федеральном законодательстве в области управления особо охраняемыми природными территориями. Законом установлено, что материалы комплексного экологического обследования участков территорий, находящихся в пределах города Москвы, для последующего придания им правового статуса особо охраняемых природных территорий города Москвы подлежат государственной экологической экспертизе, осуществляемой в порядке, установленном федеральным законодательством.
Законом города Москвы от 11 мая 2005 года N 16 "О внесении изменений в статьи 32 и 34 Закона города Москвы от 26 сентября 2001 года N 48 "Об особо охраняемых природных территориях в городе Москве" расширены полномочия инспекторов, осуществляющих охрану, содержание и использование особо охраняемых природных территорий: они получили право составлять протоколы об административных правонарушениях, что значительно повысило эффективность охраны государственных природных заказников, природных и природно-исторических парков.
Закон в части норм, устанавливающих повышенный размер административного штрафа, налагаемого на должностных лиц и юридических лиц за совершение нарушения законодательства города Москвы об охране окружающей среды, являлся предметом рассмотрения в суде по заявлению Прокуратуры города Москвы. Решением Московского городского суда от 4 мая 2006 года в удовлетворении заявления отказано. Определением Верховного Суда Российской Федерации от 16 августа 2006 года решение Московского городского суда оставлено без изменения, а кассационное представление Прокурора города Москвы без удовлетворения.
Во исполнение части 1 статьи 8 Закона и в целях обеспечения сохранения и дальнейшего развития природоохранного и историко-культурного потенциала города Москвы был принят Закон города Москвы от 6 июля 2005 года N 37 "О схеме развития и размещения особо охраняемых природных территорий в городе Москве". Данная схема разработана на основе Генерального плана развития города Москвы и градостроительных планов развития территорий административных округов города Москвы и представляет собой перечни существующих и планируемых к созданию особо охраняемых природных территорий в городе Москве по административным округам, а также их графические изображения (схемы).
Закон города Москвы от 12 мая 2004 года N 32 "О государственном экологическом контроле в городе Москве" регулирует отношения, связанные с осуществлением государственного экологического контроля в городе Москве, устанавливает административную ответственность за правонарушения в области охраны окружающей среды в целях соблюдения соответствующих нормативов и нормативных документов, а также направлен на обеспечение экологической безопасности. Для увеличения превентивной роли Закона установлены повышенные по сравнению с введенными Кодексом Российской Федерации об административных правонарушениях размеры штрафных санкций.
Государственный экологический контроль осуществляется государственными инспекторами, которые проводят плановые и внеплановые проверки, анализируют данные экологического мониторинга и экологического аудита и результаты обследования состояния объектов государственного экологического контроля.
Федеральный закон от 9 мая 2005 года N 45-ФЗ "О внесении изменений в Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях и другие законодательные акты Российской Федерации, а также о признании утратившими силу некоторых положений законодательных актов Российской Федерации" ввел новый вид административного наказания - административное приостановление деятельности, которое применяется только по решению суда. В целях приведения московского законодательства в соответствие с федеральным был принят Закон города Москвы от 6 июля 2005 года N 36 "О внесении изменений в Закон города Москвы от 12 мая 2004 года N 32 "О государственном экологическом контроле в городе Москве".
Закон города Москвы от 20 октября 2004 года N 65 "Об экологическом мониторинге в городе Москве" утвердил организационно-правовые основы и принципы экологического мониторинга, установил административную ответственность за нарушение законодательства в области охраны окружающей среды в части экологического мониторинга.
Данные государственного экологического мониторинга предназначены для использования органами государственной власти в целях обеспечения экологической безопасности населения, оперативного выявления нарушений природоохранных требований, отслеживания в режиме реального времени залповых выбросов, сбросов, выявления причин или виновников повышенного загрязнения, а также для разработки прогнозов социально-экономического развития, природоохранных программ и отдельных мероприятий по охране окружающей среды.
В Законе города Москвы от 4 июля 2007 года N 30 "О внесении изменений в Закон города Москвы от 20 октября 2004 года N 65 "Об экологическом мониторинге в городе Москве" уточняются права специализированных организаций и уполномоченного органа, устанавливаются дополнительные критерии оценки воздействия предприятий на окружающую среду, вводятся в качестве нового объекта экологического мониторинга такой фактор физического воздействия, как шум.
На основании действующего федерального законодательства Закон изменил размеры штрафных санкций.
В соответствии с Федеральным законом от 10 января 2002 года N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды" воздействие хозяйственной и иной деятельности на окружающую среду регулируется различными нормативами, которые устанавливаются на основании единых, одинаковых для всех регионов России требований, что не позволяет реализовать в городе Москве дифференцированный подход к территориям различного назначения и, соответственно, к природопользователям на этих территориях.
Для решения данной проблемы был принят Закон города Москвы от 2 марта 2005 года N 9 "О комплексном природопользовании в городе Москве", в котором наряду с административным предусмотрено экономическое регулирование комплексного природопользования - квотирование допустимых воздействий на природный потенциал территории и установление показателей (квот) допустимых выбросов и сбросов, лимитов использования природных ресурсов. В этой связи у предприятий появляется заинтересованность в реализации природоохранных мероприятий, снижении выбросов загрязняющих веществ ниже совокупного предельного выброса.
Закон являлся предметом рассмотрения в суде по заявлению первого заместителя Прокурора города Москвы. Оспаривались статьи Закона, устанавливающие административную ответственность за нарушение законодательства города Москвы в области комплексного природопользования. Решением Московского городского суда в удовлетворении заявления отказано. Определением Верховного Суда Российской Федерации от 16 августа 2006 года решение Московского городского суда от 4 мая 2006 года отменено, вынесено новое решение о признании оспариваемой нормы недействующей с момента вынесения определения Верховного Суда Российской Федерации.
В 2007 году Московской городской Думой был принят во втором чтении проект закона города Москвы "О комплексе природных и озелененных территорий города Москвы". Законопроект регулирует отношения в области охраны и использования природных и озелененных территорий города Москвы в целях сохранения и восстановления образующих их природных и природно-антропогенных объектов, ландшафтного и биологического разнообразия, улучшения состояния окружающей среды, создания благоприятных условий жизни населения города.