Общее руководство по реализации Программы должно быть возложено на Департамент топливно-энергетического хозяйства города Москвы.
Для управления Программой Правительством Москвы должна быть создана дирекция при государственном заказчике Программы - Департаменте топливно-энергетического хозяйства города Москвы.
Функции технического сопровождения и контроля за выполнением отдельных подпрограмм должны выполнять заказчики-соисполнители.
Функции финансового контроля осуществляются государственным заказчиком в установленном порядке.
Координация действий органов исполнительной власти города Москвы, участвующих в реализации Программы, осуществляется Комиссией по энергосбережению.
Управление Программой осуществляется через координацию всех ее участников, мониторинг выполнения программных мероприятий, анализ динамики ключевых показателей и корректировки методов выполнения программы.