История усадьбы насчитывает 300 лет, начиная с 1704 года, когда разрозненные угодья и пустоши, принадлежавшие Николо-Угрешскому и Симонову монастырям были переданы Петром I именитому человеку Г.Д.Строганову - одному из известнейших и богатейших людей своего времени "за многия радения" в помощь армии и флоту. Начиная с этого времени, усадьба принадлежала на протяжении первого столетия своего существования роду Строгановых, затем - перешла к потомкам М.М.Голицына и А.А.Строгановой и вплоть до революции 1917 года принадлежала князьям Голицыным.
В 1716 году в Кузьминках были построены Господский дом, Церковь во имя семейной реликвии - Иконы Влахернской Божией матери, различные хозяйственные постройки. В 1722 году усадьбу посетил император Петр I. Однако архитектурно-парковый ансамбль окончательно сформировался в конце XVIII века - первой трети XIX века и является ярким образцом русского ампира. Период расцвета усадьбы Влахернское-Кузьминки пришелся на первую половину XIX века, когда ее владельцем стал князь С.М.Голицын.
В XIX веке усадьба Влахернское-Кузьминки по своему великолепию не уступала знаменитым парковым ансамблям Подмосковья: Архангельское, Кусково, Останкино. Влахернское-Кузьминки отличались неповторимым своеобразием. Скромный и уютный господский дом с флигелями напоминал царский дворец, только в уменьшенном размере, огромными габаритами отличались каменные Конный и Скотный дворы. Была построена Слободка для служителей с собственной больницей. Искусно созданный каскад прудов превратил речку Голедянку (Чурилиху) в великолепную полноводную реку - подлинное украшение усадьбы. Были устроены регулярный Французский парк "12 перспектив", Английский пейзажный парк и Верхний сад.
Славилась усадьба на всю Москву и своими неповторимыми Влахернскими праздниками, проводившимися ежегодно в день Храмового праздника 2 июля. Благодаря всему этому Кузьминки заслужили название "Русский Версаль" князей Голицыных.
Усадьба Кузьминки являлась не только резиденцией для летнего отдыха и приема высокопоставленных гостей, но и была организована как образцовое хозяйство, которое приносило хозяину немалый доход. Например, в оранжереях усадьбы (померанцевой, фруктовой, ананасной, пальмовой, цветочной) выращивались различные экзотические и теплолюбивые растения, всего было около 2500 фруктовых деревьев. Круглый год в усадьбе был урожай слив, персиков, абрикосов, груш, дынь, арбузов и даже ананасов. Например, доход от продажи ананасов в 1856 году составил 3500 рублей. На ферме или скотном дворе, животные содержались в идеальном порядке. В 1850-е годы от 11 коров получали в достатке молоко цельное, из которого вырабатывали: сливки, сметану, молоко снятое, масло и творог. Продажа творога составляла около 300 кг в год.
Таким образом, усадьба князей Голицыных в Кузьминках являлась одновременно уникальным архитектурно-парковым комплексом, центром светской и духовной жизни и единым хозяйственным целым.
Неповторимое своеобразие усадьбы Влахернское-Кузьминки заключается в практически полностью сохранившемся до наших дней архитектурно-парковом ансамбле в границах XIX века общей площадью около 250 га, создававшемся на протяжении более 100 лет, с середины XVIII века до середины XIX века выдающимися архитекторами того времени: И.П.Жеребцовым, И.В.Еготовым, Р.Р.Казаковым, Д.И.Жилярди, А.Г.Григорьевым, М.Д.Быковским и многими другими. Хорошо сохранился целый комплекс хозяйственных и служебных построек: конный и скотный дворы, померанцевая и фруктовая оранжереи, птичник, садоводство, слободка, многочисленные служебные флигели.
Начиная с 1918 года по распоряжению малого Совнаркома усадьба была передана в хозяйственное ведение переведенному из Петрограда Всесоюзному институту экспериментальной ветеринарии (ВИЭВ), который владел усадьбой до настоящего времени.